日方在東方考古學協會成立後表示：“考古學——特別是研究東亞考古學，實為東方諸學者所負一大人類義務。這是數千年棲息於此、有悠久傳統和眾多遺產的亞細亞民族的特權。日中兩國學者合組的東方考古學協會，可使此‘亞細亞之光’於人類文化史上燦然生輝”，以此為該會存立的意義並預祝其未來的發展。[1]而中國學者顯然也有借此光大本國文化和發展學術的期望。隻是雙方對於如何利用這一共同機緣並發揮各自的作用，想法並不一致。
日方動議日中合組考古學機構，公開聲稱是“為促進東亞諸地的考古學研究，與各國特別是鄰邦中華民國考古學界增進友誼，交換知識”，實際上主要目的有二：一是利用合作名義，便於在中國境內進行調查發掘活動，尤其想參與舉世矚目的殷墟發掘。二是派遣留學生來華學習和考查。此舉與日本的大陸政策以及風尚轉向東方主義相吻合，因而得到日本政府的支持，其發掘考查及派遣留學生，均由外務省、關東廳和朝鮮總督府提供資助。東方考古學協會作為日本“對支文化事業”的一環，雖以“提攜日中兩國間的精神與文化”為目的，實際上日本官方一開始就視為“帝國政府的事業由帝國單獨實施”，隻是鑒於該事業主要在中國境內進行，須與中國人合作，才要尊重中國朝野的希望和意向。[2]而中方雖然也有引進外國財力和技術的願望，以落實長期不能付諸實現的實地考古發掘設想，卻較少政府意願，並限於學術本身。因此，在東方考古學協會的旗號之下，雙方的不和諧時有表露。
首先，在名義上，東方考古學協會與東亞考古學會時有混淆。如1927年在東京舉行的大會，既是東方考古學協會第二次年會[3]，又是本應成立於前的東亞考古學會的第一屆總會。而1926年、1929年的北京會議和1928年的京都會議，則分別為東方考古學協會的第一、三回總會和東亞考古學會第二回總會。[4]兩會的交錯和中日雙方各自強調與己關係密切的一麵，使得社會上乃至學術界本身誤傳甚多。關於第一次貔子窩發掘的主辦者，1927年8月日本《史學雜誌》第38編第8號刊登消息《貔子窩の發掘》，聲稱係以東方考古學協會名義組織，橋川時雄主辦的《文字同盟》第3號報道此事，也以《中日學者合作之發掘古物》為題，稱“日方好古之士，與中國國立北京大學考古學會、國立曆史博物館代表陳垣、羅庸、董光忠、馬衡等四人共參其事”。“發掘所得，暫由京都帝大運回整理。俟整理後，運送北京一部分，交北大考古學會及曆史博物館陳列。”而後來日方撰寫報告書時，則以東亞考古學會和關東廳博物館的名義，並得到外務省文化事業部和關東廳的援助。報告書出版時也標名為“東亞考古學會的東方考古學叢刊甲種第一冊”。親曆其事的莊尚嚴後來回憶，組織東方考古學會除互相觀摩、交換學生外，還“互相參加兩國自己舉辦的考古發掘工作”。[5]濱田耕作專文介紹兩會的聯係與區別，立意之一，當也在澄清誤會。