以人為本的科學內涵，需要從兩個方麵來把握。首先是“人”這個概念。“人”在哲學上，常常和兩個東西相對，一個是神，一個是物，人是相對於神和物而言的。因此，提出以人為本，要麽是相對於以神為本，要麽是相對於以物為本。大致說來，西方早期的人本思想，主要是相對於神本思想，主張用人性反對神性，用人權反對神權，強調把人的價值放到首位。中國曆史上的人本思想，主要是強調人貴於物，“天地萬物，唯人為貴”。《論語》說，馬棚失火，孔子問傷人了嗎，不問傷馬了嗎，這說明在孔子看來，人比馬重要。在現代社會，無論是西方還是中國，作為一種發展觀，人本思想都主要是相對於物本思想而提出來的。
其次是“本”這個概念。“本”在哲學上可以有兩種理解，一種是世界的“本原”，一種是事物的“根本”。以人為本的本，不是“本原”的本，是“根本”的本，它與“末”相對。以人為本，是哲學價值論概念，不是哲學本體論概念。提出以人為本，不是要回答什麽是世界的本原，人、神、物之間誰產生誰，誰是第一性誰是第二性的問題，而是要回答在我們生活的這個世界上，什麽最重要、什麽最根本，什麽最值得我們關注。以人為本，就是說，與神、與物相比，人更重要、更根本，不能本末倒置，不能舍本求末。我們大家所熟悉的“百年大計，教育為本;教育大計，教師為本”，以及“學校教育，學生為本”等，都是從“根本”這個意義上理解和使用“本”這個概念的。
在新的曆史時期，我們黨提出以人為本思想，摒棄了舊哲學人本思想中封建地主階級、資產階級的階級局限和曆史唯心主義的理論缺陷，主要是借鑒國際經驗教訓，針對當前我國發展中存在的突出問題和實際工作中存在的一種片麵的、不科學的發展觀而提出來的。這種發展觀認為，發展就是經濟的快速運行，就是國內生產總值（GDP）的高速增長，它忽視甚至損害人民群眾的需要和利益。這種發展觀就是人們所說的“見物不見人”，其實質是一種“以物為本”的思想，它和“以人為本”是兩種不同的發展觀。