李秀成上海回軍的一個原因，是因浙江嘉興被圍困，十分危急。
嘉興是李世賢軍與殿後軍陳坤書、陳炳文等於6月15日攻占的。李世賢離開後，由兩陳鎮守。
嘉興是浙西重鎮，占領嘉興，打開浙江門戶，南下杭州，席卷兩浙，且亦鞏固了蘇州後方。李秀成的重視蘇南戰略定位，也注意浙江占領的要緊。嘉興就是入浙的門戶和通道，必須鞏固的。
太平天國在嘉興城頭升起了黃旗的第二天，清軍就組織了反撲。幾天之後，嘉興各門外就麋集了各支清軍，統帥是江南大營殘軍提督張玉良。
張玉良人馬有萬餘，新任浙江巡撫王有齡以豐厚的軍餉、糧草補給，使他死灰複燃，反攻前來。張玉良以優勢兵力，步步為營，緊逼各門。嘉興被圍兩月，無日不戰。
王有齡新官上任，為向清帝作個表示，除勒令張玉良務須必克嘉興，他自己也全力以赴。7月下旬，當英王陳玉成大軍由江蘇宜興南下，攻克浙西長興、安吉、於潛、臨安和餘杭，直至杭州賣魚橋，逼近杭州城時，也未調遣張玉良軍前來解圍。後來陳玉成因患病撤回去了，他沒有聲援或派出部分兵員出援嘉興。
陳坤書、陳炳文向李秀成告急。
李秀成自上海撤退後，經鬆江、蘇州關王廟取道南下。8月28日占嘉興北的嘉善，8月31日又占嘉興東的平湖。
9月4日，李秀成自率大軍至嘉興，與張玉良圍軍對峙。他不急於進攻，而以李世賢軍至石門，斷張玉良部退路。
李秀成與李世賢聯手，還動用了炮船上裝備的大炮，在嘉興南門和西門外大破張玉良軍。據稱，李秀成自引軍十餘萬人馬，再加上李世賢軍和城軍，連續五日五夜鏖戰，使張玉良軍在車輪戰中，疲勞不堪，不得休息。李秀成又富於靈巧戰術，分軍一部於東、北兩門外，抄敵後路，將敵西南一路營寨全包裹在內，憑借絕對優勢兵力，分割張玉良部圍軍。