攻破江南大營陳玉成部是立有首功、大功的，蘇南地區攻取也是靠陳玉成和李秀成、李世賢齊心協力取得的。陳玉成當然要想在蘇南有一席之地，李秀成卻要把蘇南打造為自己獨家經營的管轄區。
太平天國倒退了。東王楊秀清時期的天京中央高度集權製，隨著東王被殺、天京內訌，中央權力受到了削弱。到了後期，各個大小軍事領袖在戰爭實踐中都懂得有軍才有權，有軍才能不倒的道理，而擁有自己和自己家族固有的軍隊，必須要有供養軍隊的財賦、土地。
李秀成直隸的軍隊經過殲滅江南大營、東下蘇常，沿途有了成倍的擴充。他擁有十餘萬人馬。
李秀成的軍隊和陳玉成的軍隊，是同時進入蘇州的，陳玉成的部將，還先後奪取丹陽、無錫、江陰、常熟等地。李秀成很討厭陳玉成部將的介入，擔心陳玉成會分嚐杯羹。陳玉成部是當時太平天國中擁有老兄弟最多，裝備最好，戰鬥力最強悍的一支大軍。天京內訌後太平天國戰勝敵人的重大戰役如三河之戰、攻破江北大營之戰以及此次攻滅江南大營、東下蘇常，都處處有他著力，且起了根本性的作用。可以說，沒有陳玉成軍隊的全力以赴，李秀成僅以本部人馬，是不可能占領蘇南諸城的。以太平天國習慣的那種奪城占城法則，陳玉成要分占蘇南大部分地區，至少是他的部將已所占領地區。他在天京、安慶都設有王府，為了進入蘇南，名正言順，又在常州、蘇州建立英王府，發號施令，指揮所部將士。
李秀成以已度人，先作打算，在進入蘇州後，就開始排擠陳玉成。他有意在本地民眾散布陳玉成部隊的暴虐、害民，而自己是仁慈、愛民。
1860年6月5日（四月十六日），李秀成在占領蘇州的第四天，就別有用心地於蘇州城鄉，“四處貼出告示，略論：本月二十八日，英王將移兵本城，爾等善良之庶民，本無罪孽，若遭塗炭，事尤可哀。故此，自今日起至明晚止，應速散去，倘若遲滯，待英王兵至，忠王雖愛惜蒼生，恐亦無能為力，等等。適大開蘇州六門，放出百姓。蓋聞此英王者，一向草菅人命，所到之處，不同男女老幼見則必殺，健壯之民，悉令從事。順之者生，逆之者亡”（程家棠《避難紀略》）。