1856年9月初，天京發生了內訌。
據秦日綱麾下外國人肯能說，秦日綱從金壇回到天京，在城門外，遇見從江西趕來的韋昌輝。韋昌輝和他講了奉洪秀全命趕回，他們在北王府聆聽洪大駙馬鍾萬信宣讀的殺楊秀清密詔。
於是當夜，即9月2日深夜，兩人帶領人馬殺進東王府，殺死東王楊秀清。
天京內訌爆發了，它延續了兩個月，其中包括石達開返京，韋昌輝殺石達開不成害其全家，洪秀全殺韋昌輝、秦日綱和陳承控，石達開再次返京，因遭洪秀全猜忌出走安慶。
秦日綱站在韋昌輝一邊，追隨韋昌輝，還奉韋昌輝命帶領人馬追趕逃出天京的石達開。
可是，秦日綱帶的人馬是韋昌輝部隊，他沒有從句容丁角村調動原統率的李秀成、陳玉成等部人馬。當然，他也調動、指揮不了這支太平軍。
所有太平軍，都是屬於太平天國東王楊秀清指揮的。
秦日綱不僅無權調動、指揮，而且憑他那點兒德性，隻能依附韋昌輝，為虎作低。追趕石達開，要置石達開於死地，那都是屬於見不得人的醜事。由此即使參與殺楊秀清的佐天侯時為天京衛戍司令官的陳承控，也沒有能要得句容丁村前線的陳玉成和陳仕章前來聲援。須知陳玉成是親侄，是他帶同前來投奔金田起義的，陳仕章也是陳承控的本家兄弟。
太平天國領導集團的主要成員都先後參與了天京內訌，扮演了相互猜忌、殘害的角色。
韋昌輝、秦日綱殺楊秀清，以及韋昌輝飛揚跋扈，一度控製太平朝時期，李秀成和陳玉成等仍在句容丁村，與丹陽江南大營殘部和春、張國棵相持，都沒有參與內訌。
李秀成後來在供詞裏寫的，多是道聽途說，隻是因來自高層，也許還包括洪秀全的自圓其說，再憑自己所理解，糅合成篇：