從某種程度上來說，康熙假借三藩上疏請求撤藩的借口下令撤藩，其實存在著武斷的成分。在康熙看來，撤藩是你們自己提出的，隻要撤藩令一下，你們就必須要拱手相讓，更不會叛亂。康熙太過自信，以至於當他知道吳三桂起兵時，還未有絲毫準備。再看吳三桂，一方麵和朝廷的官員虛與委蛇，蒙蔽朝廷，另一方麵又積極準備、招兵買馬、聯絡舊部，準備起兵。
清廷下令撤藩的決定徹底擊碎了吳三桂“世鎮雲南”的幻想。在撤藩令下來以後，吳三桂第一時間暗中指使其黨羽向撤藩使者請願，要求朝廷撤銷這一決定，在被否定後，他又找各種借口拖延執行時間，與其心腹密謀叛亂。
吳三桂認為，雲南雖然偏居一隅，但自己已經鎮守雲南十幾年，早已雄霸一方、兵力十足，並且，他的舊部和黨羽遍布各省，比如，雲南的十鎮大帥、貴州提督李本深、四川總兵吳之茂、陝西提督王輔臣等，隻要自己拉起起兵大旗，這些人勢必會一呼百應，而清廷的開國老將早已垂垂老矣，康熙帝不過是個乳臭未幹的黃毛小子，根本不足為慮，自己的兒子吳應熊在北京，但其是額駙，況且自己兵強馬壯，“朝廷必不殺，以為之招”。
他還指使其黨羽以“九天紫府劉真人”的名義吹捧自己是“中國真主”，為反叛大造輿論。
在經過一陣短暫的準備後，康熙十二年（1673年）十一月底，吳三桂鋌而走險，殺巡撫朱國治，自號“周王天下都招討兵馬大元帥”，令部下“蓄發，易衣冠”，起兵雲南。
吳三桂在“矢忠新朝”三十年後，又扯起了“複明”的旗號。反叛之前，率部下祭掃桂王陵墓，“慟哭，伏地不能起”，對部下大加煽動。反叛之後，發布檄文，指責清朝“竊我先朝神器，變我中國冠裳”，並聲稱要“共舉大明之文物，悉還中夏之乾坤”。