晚年康熙身體一直不是太好，康熙五十四年（1715年）的一天，康熙的右手突然無法動彈，但是他卻堅持用左手批奏折，到康熙五十六年的冬天，康熙又生了一場大病，雙腳浮腫，無法站立。
康熙五十一年（1712年），太子胤礽再次被廢以後，康熙不願意再提及立儲之事，如果有人提及了此事，康熙定會龍顏大怒，後果十分嚴重。康熙之所以對這件事避而不談，原因有兩個：第一是他不想看到皇子們因為這件事自相殘殺；第二是他害怕在立儲之後自身安全受到威脅。這件事弄得康熙晚年愁悶不已，成為他的一塊心病，身體也受到影響。
然而，不立太子的弊端也逐漸出現，比如，這些皇子們絕不會因此停止爭鬥，隻不過會因為暫時沒有明確誰是目標而收斂一點而已。康熙五十六年（1717年），大臣們一致請願立儲，康熙也知道此事非同小可，隻好采用緩兵之計，他以當年太子胤礽的儀製逾規，而下令重新製定太子儀製，而當大臣們按照他的要求製定出來以後，康熙又沒了動靜。
康熙當然也知道始終不立儲給大清帶來的負麵影響，但是他一直對自己的健康很自信，況且，即便真的到了大限將至的時候，他也相信自己能在最後一刻宣布繼承人選，但他萬萬沒有想到真到這一天來臨的時候，自己並沒有做好準備，而這也導致了雍正登基的千古謎案。
《清聖祖實錄》和《永憲錄》均記載，康熙六十一年（1722年）十月二十一日，69歲的康熙興致勃勃去南苑打獵。十一月七日感覺身體不適，十三日晚便死去。康熙帝臨終前幾天，隻不過是“偶感風寒”，並沒有到任何病危階段，按現在的話說，未發出過任何“病危通知”。那麽康熙帝死前，到底在宮廷裏發生了什麽？
在《永憲錄》中有記載，康熙回到暢春園後，第二天，康熙傳旨“偶感風寒，本日即透汗”，這話值得“推敲”。“自初十至十五日靜養齋戒，一應奏章，不必啟奏。”其實，他晚年的身體健康狀況並不好，還不肯看醫生。單從此話可以看出，他的真實病況要嚴重很多。