清朝是中國曆史上最後一個封建王朝，延續了二百多年，但是清朝的君主專製製度發展到了頂峰，而康熙就是清朝君主集權的重要推動者。康熙從親政前的智擒鼇拜、平定三藩，再到後來的取消大臣輔政製度，都是為了獨攬大權，後來康熙手下再也沒有一手遮天左右天下的大臣。康熙親政之後，將內閣的職能明確了下來，內閣的權力也隨之加強，負責處理日常的政務等，但行政大權始終掌控在自己手裏。
康熙帝親政以後，重新將內三院改為內閣，內閣負責處理日常政務的職能進一步明確下來，隨之而來，內閣權力有所加強，因而出現了明珠、徐元文、李光地等在朝中有一定影響的大學士。然而，明珠等人絕不可能危及皇帝的絕對權威。具有明確權力意誌的康熙皇帝始終堅持將政務大權牢牢控製在自己手中，康熙帝稱：“今天下大小事務皆朕一人親理，無可旁貸。若將要務分任於人則斷不可行”。而在軍機處設立以前，內各部門隻是負責承接書旨，內閣是隻服務於皇帝一人的機構，並不是一個獨立的權力係統，清朝時期的內閣體現的就是皇帝的意誌，是皇權的產物和工具。
為了加強皇權統治，康熙初創密折陳奏製度，密折是將奏文寫在折疊的白紙上，再裝入特製皮匣的奏折，外人無從得知。密折製度始於康熙晚期，完備於雍正朝。
康熙帝曾言：“令人密奏並非易事。偶有忽略，即為所欺。”且必須親自為之，不可假手於人，一切聽聞皆可上報。寫畢將奏文寫在折疊的白紙上，再裝入特製皮匣，皮匣的鑰匙隻有兩把，一把在上奏折官員手中，一把由皇帝保管，除此之外，任何人都無法開啟。官員自派親信家人送抵京城，不可擾累驛站，直達禦前，並由皇帝親自批答。
清朝采用密折製度，允許和鼓勵四品以上的中央和地方官員，直接向皇帝遞密折。密折製度的積極作用有以下幾點：