在烏蘭布通之戰中，雖然清方取得了勝利，但是因為沒有生擒噶爾丹，康熙帝感到很遺憾。不過他依然在積極部署，且準備了六年，就是為了徹底解決噶爾丹的難題。康熙三十五年（1696年）二月、九月、康熙三十六年（1697年）二月，康熙三度親征噶爾丹，足可見康熙解決這一問題的決心。
再說噶爾丹，自康熙二十九年在烏蘭木通戰敗後，他雖曾向清廷認罪立誓，上書請降，但反叛之心並未改變。不久又在科布多（在今蒙古國西部）集合舊部，並向沙俄乞援，企圖重整旗鼓，東山再起。
康熙三十四年九月，噶爾丹率騎兵3萬，攻入喀爾喀蒙古車臣汗部，隨後沿克魯倫河（今蒙古國境內）東下，進抵巴顏烏蘭（今蒙古烏蘭巴托東南，克魯倫河上遊）。揚言過冬後，將借俄羅斯鳥槍兵6萬，大舉內犯。
在這種形勢下，康熙帝召集群臣商議此事，隻有極少數人讚同征討噶爾丹的主張，八旗滿洲王公大臣皆畏怯退縮，反對用兵，康熙也了解群臣們的顧慮，他說：“朕親曆行間，塞外情形，知之甚悉。自古以來，所謂難以用兵者是也。其地不毛，間或無水，至瀚海等沙磧地方，運糧尤苦。而雨水之際，樵爨頗難，區畫不周，豈可妄動。”但是康熙也知道，一旦噶爾丹得逞，他就會肆無忌憚繼續擴張，且會嚴重威脅到清朝統治。於是，康熙決定，親征噶爾丹。康熙三十五年二月，他下令發兵10萬，分東、中、西3路進擊。由黑龍江將軍薩布素統兵9000組成東路軍，越興安嶺，出克魯倫河，側擊準噶爾軍；由撫遠大將軍費揚古統兵4.6萬組成西路軍，由歸化（呼和浩特）、寧夏越過沙漠，沿翁金河北上，切斷噶爾丹退路；康熙帝自率3.4萬人組成中路軍，出獨石口（今河北省赤城北），經克魯倫河上遊地區北上，切斷噶爾丹退路，與東西兩路軍夾擊噶爾丹軍。