早在康熙十七年（1678年），噶爾丹以和碩特是衛拉特蒙古一部，理應歸他統轄為理由，準備進軍青海，這一消息很快被康熙知曉，康熙馬上下令甘肅提督張勇敕軍隊嚴加防範，同時對噶爾丹發出警告，讓他立誓永遠不可騷擾百姓，彼時的噶爾丹實力還不足，不敢貿然出兵，不過他從這次清廷的表現中明白一點，青海和碩特與清廷之間關係密切，甚至應該是依附的關係，噶爾丹如果出兵，清廷絕不會坐視不理，所以，噶爾丹也就暫時放棄了進軍青海的計劃。
康熙二十七年（1688年），噶爾丹率領3萬大軍，越過杭愛山，向漠北喀爾喀蒙古地區進攻。由於噶爾丹派遣的千餘名喇嘛作內應，土謝圖汗倉促迎戰，初戰即失利，噶爾丹的騎兵乘勢擊潰車臣汗和紮薩克圖汗兩部，大肆掠奪土謝圖汗和哲布尊丹巴·呼圖克圖的牧地，致使喀爾喀蒙古諸部蒙受空前浩劫，舉部內遷，“潰卒布滿山穀，行五晝夜不絕”。此時的康熙仍然希望通過調停的方式和平解決這一問題，他提出可以在清官方的主持下進行一次和談，和談會邀請達賴喇嘛的代表、使噶爾丹和喀爾喀蒙古坐在一起，土謝圖汗謝罪，準噶爾撤兵，歸還喀爾喀蒙古土地人民。
然而，康熙的努力也是徒勞的，噶爾丹根本不聽勸阻，而是繼續南犯，在鄂羅會諾爾擊潰了土謝圖汗主力，無奈，土謝圖汗與喀爾喀蒙古宗教領袖哲布尊丹巴，帶領一眾參與內附清廷，請求清廷的保護。
噶爾丹則堅持要懲處挑釁者。康熙遣使的目的，就是要準噶爾放棄懲處，與喀爾喀達成和平。阿喇尼隨身帶去了康熙給噶爾丹的信，在信中，康熙先是表示統禦寰宇，率土生民，“皆朕赤子”，要一體同仁，而蒙古內部也應彼此和好，共享安樂，然後是對於責任的認定與提出化解衝突的辦法：