晉商的成功與輝煌在整個中國商業史上都無與倫比。但令人遺憾的是，在最後的應變中，晉商未能表現出崛起時那種對局勢的把握和對經營市場的自信，再加上的客觀環境的殘酷及晉商自身早已蘊藏的敗因，最終他們還是走向了衰亡。
1．外患：國亂商亦亂
晚清社會極為動**不安，戰亂連年，而晉商是戰亂的直接受害者。
外有帝國主義入侵，內則有農民起義不斷，晉商持續發展壯大的機會每每被戰亂所毀。遭遇兩次鴉片戰爭及太平天國農民起義後，晉商的損失尤重。“買賣在三江兩湖者十居八九，自粵匪竄擾以來，南省半為賊擾，山西買賣十無一存，祁太汾平各省向稱為富有者，一旦化為烏有，住宅衣物之外，別無長物。”山西籍官員徐繼佘的痛惜不無激憤之詞，他把晉商所遭受的損失全歸之於太平軍，這明顯與事實不符，這其中其實危害最大的反而是官軍的趁火打劫及地方官吏的肆意敲詐勒索。當然，我們不能否認，在戰亂期間，太平天國農民起義也確實給晉商帶來一定的危害，然而，歸根結底，晉商所遭受的巨大損失是清政府的腐敗墮落所致。
晉商當時的慘狀，在“日升昌”總號給漢口分號要求撤莊的信中、就有反映：“昨接重、成兩處來信，軍務甚是緊急，成都左近四麵賊匪擾亂不堪，兼之省城勒捐輸，以致生意之家實難存站，平已寄信去矣，即著成夥速歸重號，暫作躲避。至重地一二百裏，亦是賊匪攪擾，人心亦屬驚惶，如再不妥，亦要遷動。祁為見信之日，萬不可做成、重兩處收交主票。至於京、口、汴、沙、長均已定收莊，不可做此幾處收交之票，亦不可存銀，總以尋下交項再可做收項，以待時勢而動，若成、重之地如不礙事，我號尚可暫行小小而做，收南交北。重、成若壞，我號各碼頭亦得暫行歸結。”，有“天下第一票號”之稱的日升昌尚且如此慘淡維持，其它各票號的現狀就可想而知了。