光緒二十七年（1901年）八月，騷亂一年多的北京城漸漸平靜下來。西逃西安的慈禧太後、光緒皇帝，以及追隨的榮祿等大臣們起程回鑾。路上行程兩個多月，陰曆十一月進入紫禁城。
回到京城的慈禧似乎變了。從小處說，她入宮之後，馬上追認被她戕害的珍妃為“貴妃”，難道是良心發現的悔悟？從大處講，她力倡推行新政，政體的改革比之先前光緒的戊戌變法走得更遠C是她恍然覺悟、順應了世界潮流，由頑固派轉變成改良派？慈禧唯一沒變的是依然是握著皇權不撒手，一切由她說了算。
去年京城烽煙再起，慈禧身經國破流亡的沉重打擊，她以光緒皇帝的名義連發兩道“罪己詔”，進行了深刻的批評和自我批評，承認“負罪實甚”，感悟應以“取外國之長，乃補中國之短，懲前事之失，乃做後事之師”。落腳西安後，她好像痛定思痛，發上諭指令朝廷各級官員廣開言路，“各舉所知，各抒所見”，參照中外政治體製、國計民生、學校科舉、軍政財政，哪項該鞏固，哪項該革除；如何使國家從此複興等方方麵麵的問題，要求官員們限兩個月內詳細提出建議。其誌之堅，其情之切，感覺此慈禧與前慈禧判若兩人。孰知慈禧善變的本性，又因當時中外正議和，誰保證她是不是虛晃一槍、糊弄局呢？
1901年4月，慈禧遙控成立了新政“督辦政務處”，由慶親王奕劻、直隸總督李鴻章、大學士榮祿、昆岡、王文韶、戶部尚書鹿傳霖為督辦政務大臣。兩江總督劉坤一和湖廣總督張之洞參與。回到京城之後，慈禧式的“變法維新”正式啟動。
籠統地說，慈禧的新政是沿著戊戌變法的路子走下來的。科考廢八股改考策論；停止考弓馬舉重的武科；仿造西學推行近代化教育，在各省設大學堂，各府設中學堂，各縣設小學堂，最後徹底廢除科舉製度。其次裁撤了一些省，合並了一些中樞機構；改總理各國事務衙門為“外務部”，奕劻為首任總理大臣；留下了吏部和禮部，餘下的戶部、兵部、刑部、工部分別改為度支部、陸軍部、法部和農工商部，又增設民政部、學部、郵傳部。原來的理藩院改作理藩部，共為十一個部。