中國宗教以神鬼構成為係統，殷周以來，神鬼世界的大輪廓已經劃定，可是在局部問題上的爭議還是時有發生。秦漢至魏晉就是變化比較大的時期之一。這場變革主要導源於鄭玄與王肅經學上的爭議。而理論衝突的背後則是曹氏與司馬氏兩大士族集團的政治鬥爭，宗法宗教與政治的緊密關係於此可見一斑。
鄭玄是宗教的集大成者，鄭玄關於宗法宗教的見解的影響是比較大的，他的見解主要表現在“三禮”注疏中。他的觀點對漢、魏之際宗教禮儀的修訂具有指導性。鄭玄對“三禮”的注疏雖然在訓詁考據上下了極大功夫，集漢代今、古文經學之大成，但是也帶有明顯的時代局限性。鄭玄受漢代流行的讖緯神學思潮影響，盲目迷信聖人經典，對經文產生年代和可靠性缺少批判精神。他認為經典一律出於先秦聖人之手，忽略漢儒在收集整理經典過程中杜撰假冒的可能性。結果鄭注在許多地方混淆了漢代的宗教與周代的宗教，導致了宗教理論與實踐的混亂，為後代宗教的發展產生了不良影響。
曹魏時期，曹氏集團采納了鄭玄之說。魏明帝景初元年始營南委粟山為圓丘，祭昊天曰皇皇帝天。自稱曹氏出自帝舜，以帝舜配。於方丘祭皇皇後地，以舜妃伊氏配。南郊祭天曰皇天之神，以太祖武皇帝配，北郊祭皇地之祗，以武宣皇後配。以高祖文皇帝祭於明堂配上帝。這樣做是為了借宗教神靈的迷惑性確立皇室的正統統治地位。曹魏政權的這個天神祭祀係統不僅從理論上導致了神權的紊亂，政治上也不利於“神道設教”這個大目標，因而受到王肅及其門徒的猛烈攻擊。王肅作《聖證論》，集中批駁鄭玄的觀點。他認為古代宗教中圓丘與郊同為祭天之處，昊天與上帝不容有二。古代並無感生帝之說，五帝就是五人帝，原是古代五位聖王，五帝非天。王肅之女適司馬昭，生晉武帝司馬炎，於是隨著王朝的變遷，王學與鄭學的地位也相應轉換。晉武帝希望借政治統一的機會對宗教神學觀念進行一番整頓，再反過來保證政治上的統一。他完全采納了王肅的主張，認為五帝乃昊天之氣在五方的不同表現，實為一神所化，天上隻有昊天上帝為最高神，不僅要除漢代五郊祭祀，且於南郊、明堂除五帝之座。這樣便簡化了祭祀天地的禮儀，將冬至圓丘祭昊天合並於正月上辛（第一個辛日）南郊祭天；夏至萬澤祭地祗合於北郊祭地。有時兩郊與宗廟還同時進行。