按照元窩闊台汗元年（1229年）宗室諸王的盟約，蒙古大汗之位世世代代由窩闊台的後裔承襲。然而，自蒙哥汗開始，大汗之位轉到了拖雷一係。由此埋下了宗室失和的種子。忽必烈在位期間推行漢化政策，更加劇了與保守的西北諸王的矛盾，終於爆發了長達40年之久的海都、篤哇、昔裏吉之亂。
海都是窩闊台的孫子，元憲宗蒙哥汗二年（1252年）被蒙哥汗封於海押立（前蘇聯塔爾迪—庫爾幹東北）。海都對此耿耿於懷，於蒙哥汗六年（1256年）扣押了蒙哥汗的使臣斷事官石天麟，後來又支持阿裏不哥與忽必烈爭位。他還結交術赤汗別兒哥，逐漸控製了窩闊台的封地葉密立（亦稱也迷裏，今新疆額敏河流域），成為雄踞於察合台汗國與蒙古本土之間的強大勢力。元世祖至元元年（1264年）阿裏不哥失敗後，忽必烈邀請海都參加庫裏爾台大會。海都以道遠馬瘦、不堪勞苦為由推脫，表示隻願意在自己領地之內服從大汗的命令。後忽必烈將蔡州（今河南汝南，轄今渤海西南部）分封給海都，海都仍不為所動。至元三年（1266年），察合台汗阿魯忽去世，堂侄木八剌沙繼位。忽必烈派木八剌沙的堂兄弟八剌去輔佐並監視木八剌沙。八剌回國發動兵變，自立為汗。這時，忽必烈封皇子那木罕為北平王，主持西北軍務，並派使者說服術赤汗忙帖木兒進攻海都。
至元五年（1268年），忽必烈出兵擊敗海都，追擊到阿曆麻裏（今新疆霍城）。忙哥帖木兒、八剌也出兵攻擊海都。海都先和忙哥帖木兒講和，然後在失兒答裏牙（今錫爾河）一線迎擊八剌。海都失利，損失慘重。不久，得忙哥帖木兒的5萬援兵，才挽回局麵，連連擊敗八剌。八剌退過失兒河，聚兵募餉，繼續與海都周旋。海都為解除後顧之憂，主動與八剌和解，結為俺答（義兄弟）。