李自成、張獻忠的抗清鬥爭
清統治者在籠絡地主階級鎮壓農民軍的同時，對漢族人民施行了圈地、屠殺等等民族高壓的措施。各地人民都起來反抗清統治者。北京近郊的昌平、三河，以及冀中、蘇北、山東、山西、河南等地人民的反清鬥爭，風起雲湧，如山東西部的榆園軍，山東東部的青州起義軍，山西西部呂梁山區的起義軍，河南懷慶、衛輝等地的起義軍，在河北各地也有很多小規模的農民武裝。在這些起義軍中都有被清軍打散的李自成舊部參加，他們或是獨立作戰，或是策應李自成的軍隊抗擊清兵。
清順治二年（1645年）初，清統治者集中軍力分兩路攻入陝西，一路由阿濟格率領，吳三桂為前鋒，一路由多鐸率領，孔有德為前鋒。李自成迎擊清軍於潼關，經過激烈的戰鬥，農民軍放棄西安，東下湖廣。這年四月，農民軍來到湖北通山縣，李自成遭到當地地主武裝的襲擊，死於通山九宮山。
同樣，清統治者誘降在四川的張獻忠領導的農民軍，也遭到拒絕。李自成敗退陝西時，張獻忠便和李自成相約共抗清兵。順治三年（1646年）冬，張獻忠迎擊清軍於川北西充的鳳凰山，遇伏而死。
張獻忠死後，他的部將李定國、劉文秀、孫可望等人，也在川南雲貴一帶與南明桂王政府合作，繼續抗清。
史可法抗清
史可法（1601—1645年），字憲之，號道鄰，明末河南祥符（今屬河南開封）人。崇禎元年（1628年）進士，授西安府推官，遷戶部郎中。因鎮壓農民起義，累遷右僉都禦史，在安慶、池州、光山、蘄州、湖口諸地堵截農民軍，升任南京兵部尚書。
揚州史可法紀念館
崇禎十七年（1644年）五月，受命督師揚州的史可法派人分駐江北四鎮，以堅守南京。盡管內有昏君佞臣胡作非為，外有驕兵悍將紛爭不和，但具有民族氣節的史可法不顧處境之艱難，極力排除幹擾，協調江北四鎮，團結各方力量抗清。他本人親自防守要衝宿遷。