▲明成祖朱棣像
洪武三十一年（1398年）閏五月，太祖駕崩，皇太孫即位，是為建文帝，史稱明惠帝，以明年為建文元年。燕王棣赴京奔父喪，但行至淮安，便接到朝廷關於“諸王臨國中，毋到京師會葬”的“遺詔”。棣甚惱火，想必是建文寵臣齊泰、黃子澄等改了詔書，但實情不明，隻好暫時返回。
七月初五日，燕王正式誓師，援引《祖訓》中“朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側之惡”條文，以“誅齊泰、黃子澄”為名，起兵靖難。取消了建文年號，仍稱洪武三十二年。設置官屬，任張玉、朱能、丘福為都指揮僉事。第二天，留郭資輔世子守北平，親率大軍抵達通州，指揮房勝不戰而降。用張玉計，攻下了薊州、遵化，解除後患，然後又向南推進。一場以奪皇位為實質的武裝鬥爭開始了。十六日，燕王認為“居庸險隘，北平之咽喉，我得此，可無北顧憂”。於是揮軍攻占居庸，轉攻懷來，開平、龍門、上穀、雲中守將望風歸降。燕王又攻克了永平、克灤河，直趨南下。由於北平多年一直為基地，因此附近州縣衛所，一呼百應，士氣旺盛，並有韃靼兵馬為後盾，南方宮中太監為內應，朱棣不僅兵精糧足，而且對建文集團內動靜虛實了如指掌，加之指揮得當，又有姚廣孝等能者相助，出謀劃策，因此在鬥爭中始終處於優勢地位。建文集團相反，雖位居正統，兵眾糧足，但因建文帝生性怯懦迂腐，缺乏魄力，處事優柔寡斷，易信讒言。因此先後任用耿炳文、李景隆分鎮真定、河間。結果，耿先大敗於真定，困守孤城；李代耿後，雖乘燕軍攻大寧之機而圍攻北平，但在北平軍民合擊下又大敗，逃回德州。建文無奈，答應罷免齊泰、黃子澄的兵權（實則仍典兵如故），以求罷兵。燕王知詐，不聽，繼續進攻德州。建文二年（1400年）四月，燕王連續攻下德州、濟南，景隆隻身走。惟鐵鉉、盛庸代景隆堅守濟南，燕軍久攻不下，隻好暫回北平。由於守城有功，鐵鉉升為兵部尚書，盛庸升曆城侯。九月，盛庸受命北伐，以副將軍吳傑進攻定州、都督徐凱屯駐在滄州，自己固守濟南，以逸待勞；而燕王則佯攻遼東，暗渡直沽直搗滄州，破城捉凱，大獲全勝。但在東昌大戰中，勇將張玉戰死，燕王也因有建文詔戒，敵將“莫敢加刃”，幾次化險為夷。在這次戰役中，幸運的是有朱高煦援救，方轉敗為勝。