劉秀建立東漢王朝，以“中興”漢家相標榜。在他即位之初，就廢除了王莽製定的一切製度和政策，基本上恢複了西漢時期的製度和政策。
由於戰亂，社會經濟凋敝，社會動**不安。在這樣的情況之下，劉秀為了較快地穩定社會秩序，以鞏固統治，於是和劉邦初建西漢時一樣，也以“黃老無為”作為他的政治指導思想。
“雖置三公，事歸台閣”
劉秀削弱三公的權力，加強尚書台的權力，東漢初年，中央最高的官職是三公，就是司徒、司空和太尉。司徒是由丞相改稱的，管民政，權力比丞相小得多。司空是由禦史大夫改稱的，不再管監察，而是改管重大水土工程。太尉管軍事。太尉一職應改稱司馬，因劉秀曾任劉玄的“行大司馬事”，為避諱而未改。三公的職位雖高，徒有虛名，並無實權。權力集中於尚書台，尚書台則直接聽命於皇帝。尚書台下分六曹，每曹有尚書一人，秩600石。
每曹置侍郎6人，稱尚書侍郎或尚書郎，秩400石；置令史3人，稱尚書令史，秩200石，各有職掌。這是一個組織完善的、具體而微的中央政府，尚書令的權力在日益加強。章帝以後，已有“尚書出納王命，賦政四海，權尊執重，責之所歸”之說。至此時，尚書台已是決策和發號施令的中樞機關。三公、九卿隻受成事。
“退功臣，進文吏”
東漢初年，功臣眾多，封侯者百餘人，其中功績較大，在明帝時得以圖像於雲台的共28人。列侯封地大者四縣，超過漢高祖對功臣侯的封賞。但是在政治上，光武帝則一反漢高祖以功臣任丞相執政的辦法，不給功臣實權實職，剝奪他們的兵權。功臣除了任邊將的以外，多在京城以列侯奉朝請，隻有鄧禹、李通、賈複等少數人，得與公卿參議大政。鑒於王莽代漢，光武帝不讓外戚幹預政事，不給他們尊貴地位。馬援功勳雖大，但以身為外戚，甚至不得列入雲台28將數中。