年羹堯在雍正帝即位前就是為他“多年效力”的“藩邸舊人”。康熙四十八年(1709年)，雍正晉封為雍親王，並充任鑲黃旗旗主。就在這時，年羹堯的妹妹被選為雍親王的側室福晉，年家因此從下五旗之一的鑲白旗，升入上三旗之一的鑲黃旗。這樣，雍正與年羹堯既是郎舅，又有從屬關係。
雍正在與諸皇子奪取帝位繼承權的激烈爭鬥中，實力派人物年羹堯的支持起了重要作用。
雍正初年，年羹堯成為新政權的核心人物，被視作社稷重臣。年羹堯雖遠在邊陲，雍正卻讓他參與朝政。在政務活動中，雍正常常征求采納年羹堯的意見。甚至連律例館修訂律列，雍正閱後都要發給年羹堯看，要他提出修改意見。
在用人和吏治方麵，雍正給與年羹堯極大的權力。在川陝，“文官自督撫以至州縣，武官自提鎮以至千把”，其升遷降革均由年羹堯一人決定。對其它地方官員的使用，雍正也常聽取年羹堯的建議。京口將軍何天培的操守為人，朝中內外論說不一，雍正讓年羹堯就其所知“據實奏來，朕以定去留。”年羹堯密參署直隸巡撫趙之垣庸劣紈絝，雍正遂將趙革職。江西南贛總兵缺出，朝廷擬用宋可進，年羹堯奏稱他不能勝任，請以黃起憲補授，雍正便依從了年羹堯的諫言。
在生活上，年羹堯的手腕、臂膀有疾及妻子得病，雍正都再三垂詢，賜送藥品。對年羹堯的父親年遐齡在京情況，年貴妃以及她所生的皇子福惠的身體狀況，雍正也時常以手諭告知。賞賜美食珍寶玩物更是常事，一次賜給年羹堯荔枝，為保存鮮美，雍正令驛站6天內從京師送到西安，這可與唐朝向楊貴妃進獻荔枝相比了。雍正對年羹堯寵信有加，希望“彼此做個千古君臣知遇榜樣”。
年羹堯的失寵和繼而被整肅是以雍正二年(1724)年十月第二次進京陛見為導火線的。在這次赴京途中，他令總督李維鈞、巡撫範時捷等跪道迎送。到京時，黃韁紫騮，郊迎的王公以下官員跪接，年羹堯安然坐在馬上行過，看都不看一眼。王公大臣下馬向他問候，他也隻是點點頭而已。在京期間，年羹堯“傳達旨意，書寫上諭”，儼然成為總理事務大臣。更有甚者，他在雍正麵前，態度竟也十分驕橫，“無人臣禮”。結束陛見回任後，年羹堯接到雍正的朱諭：“凡人臣圖功易，成功難；成功易，守功難；守功易，終功難。……若倚功造過，必致反恩為仇。”這件朱諭一反過去嘉獎讚賞的詞語，向年羹堯敲響了警鍾，此後他的處境便急轉直下。