同治十年，船政局經費已經十分緊張，到了年底，幾乎到了揭不到鍋的地步。經費緊張，一方麵是當初為了獲得朝廷支持，左宗棠有意少報費用，根本原因則是規模比計劃擴大，開支自然浩繁。
就工廠而言，原計劃是鑄鐵廠、打鐵廠、模子廠、水缸廠、輪機廠共五個。可是實際上新增了拉鐵廠、錘鐵廠、鍾表廠、帆纜廠、火磚廠、舢板廠等六個。而且打鐵、輪機、鍾表又各有分廠，實際建成的廠子有十四個，且缺一不可。就學堂而言，原來本計劃建前後兩個學堂，前學堂學製造，後學堂學駕駛。可是後來發現，要真正自駕自造，僅有兩學堂很難勝任，為了培養設計製造能力，添設繪事院，專門學習製圖；為了增強動手能力，又專門開了藝圃，招收年輕學徒學習。工廠增加機器必然增加，中外工匠必然也要增加，學堂規模擴大，藝童和老師也必然要增加。原來計劃洋人用三十八人，實際五十餘人；原計劃學堂六十人，現在藝堂加藝徒有三百餘人。此外，朝廷及地方大員都向船政薦人，沈葆楨無論如何抵製，各類委員一增再增，吃閑飯生閑事，讓他苦不堪言，還無法在奏折中明言。
還有一項支出，非常浩繁，從前無論如何沒想到：造出的船全由船政局養護維持。如今船正局已經造成的船有五艘，將要下水的還有兩艘。但大清並未建海軍，所以船政局每造出一艘船，立即會增加一筆費用。每艘兵輪大者兵夫一百四五十人，少者七八十人，俸銀再加維護，“揚武”每月三千二百兩，“萬年青”“飛雲”每月兩千一百餘兩，“建威”練船每月一千四百餘兩，“鎮海”每月六百四十餘兩。養這五艘船，每月便需銀九千五百餘兩，還未算煤炭、修理費用。一項項算下來，每月缺口兩萬餘兩。