一
細川軍渡海到天草的同時，鍋島、立花、有馬的軍隊也出動赴島原，並與島原領主鬆倉會師島原城（現在的島原市）下迎接幕府的征討使板倉重昌。大軍凡二萬人。
“百姓的暴動有什麽了不起！”
意氣飛揚的板倉重昌率領大軍一舉攻向原城。
重昌命鍋島打先鋒，但領主鬆倉長門守卻請求說：“事情發生在我領土上，請由我軍任先鋒！”
重昌遂改令鍋島擔任高岡地區的先鋒，鬆倉任海邊地區的先鋒。
二萬大軍分海陸兩路南下，逼向有馬村的原城，但重昌及領主長門守等看見原城時，都不禁發出了驚呼聲。
據聞，原城本是一座隻留下石牆的已毀古城，但現在除城門外，還有一兩座天守閣，已是一座高聳堅固的城堡，處處飄揚著染有十字的白旗。從附近各村收集的情報判斷，固守城堡的叛徒達三萬人，彈藥、軍糧也很充分。
十二月十日，以鬆倉軍為海濱地區的先鋒，鍋島軍為高岡地區的先鋒，有馬及立花隨其後將城堡團團包圍，發出喊聲。城兵毫不畏怯，激烈反擊。攻城者傷亡枕藉，隻得後退。
十一日及十二日又重整旗鼓進攻，結果仍然後退。本想一舉攻陷城池，想不到竟如此艱難。
反之，城內暴徒卻意氣昂揚，認為預言應驗，基督之世已將來臨。首領是天童天草四郎時貞，環繞著他的參謀是蘆塚忠右衛門、赤星主膳、會津宗印等十三名浪人，他們以四郎為中心召開軍事會議。
又，步兵首領由大藏忠次、有馬龜之丞、山田右衛門等十浪士充當，以五千人固守二丸；固守出丸的則為田島刑部率領的三千人。大江口則由大矢野作左衛門率領附近五村的一萬五千人防守。
此外還依法設立武者奉行、普請奉行、使番、夜回番頭(15)、旗奉行等吏員，固守城池。板倉重昌等最大的誤算是將這些暴徒看成一般老百姓，其實統領天主教徒的實是靈巧老練的浪人。