史萬歲軍數十日杳無音信，遠近皆以為其部已全軍覆沒。由於水陸交通阻絕，信使不通，史萬歲隻得置書信於竹筒之中，浮於水上，順流而下。有取水之人得到竹筒後，報告給楊素。楊素大喜，並上奏報於隋文帝。隋文帝接報後讚歎不已，賜史萬歲家錢十萬，官拜左領軍將軍。楊素軍也繼續追擊反隋散兵，抓獲高智慧，平定了叛亂。
南寧州(治味縣，今雲南曲靖西)羌族首領爨翫於隋初接受招撫，被任命為昆州(治在今雲南昆明市西郊馬街附近)刺史，後又叛隋。
開皇十七年(597年)二月，隋文帝史萬歲為行軍總管擊爨翫。史萬歲率部經蜻蛉川(今雲南大姚)、弄棟(今雲南姚安北)、小勃弄、大勃弄(二地均在今雲南下關東南)，進入南寧州地區。爨翫依險固守，均被史萬歲擊破。隋軍行數百裏，經過諸葛亮紀功碑，見其背刻銘文：“萬歲以後，超過我的就過此界。”
史萬歲令左右將碑倒置，繼續向西挺進，渡西洱河(今雲南洱海)，入渠濫川(位於雲南下關東北)，轉戰千餘裏，破西南羌族30餘部，俘二萬餘人，諸羌大懼，爨翫被迫再度請降。獻明珠寶物，表示願聽約束，並刻石勒銘，讚頌隋朝聖德。史萬歲遣使飛騎上奏，請將爨翫入朝，隋文帝準其所奏。
但爨翫心懷二誌，不想隨軍入朝，便以金寶賄賂史萬歲，於是史萬歲便放爨翫而還。當時蜀王楊秀正在益州(今四川省成都)，知其受賄，派人索取。史萬歲聞知此事，將所得金寶全部沉於江底，楊秀無所獲，隻得作罷。
史萬歲以平定南方各部落之功，位進上柱國，晉王楊廣虛懷敬重他，並用朋友的禮節待他。隋文帝知道他被晉王看好，就派萬歲監管晉王府的軍中事務。
第二年，爨翫又反叛。蜀王楊秀彈劾史萬歲受賄縱賊，致生邊患，毫無大臣氣節。隋文帝下令嚴查此事，查對屬實，其罪當死。