元代的農業，雖然在實踐上沒能讓百姓溫飽有餘，但在技術和生產上是有較大進步的。在《四庫全書》中收錄的農書有10部，元代就占了3部，僅次於明代（明朝有4部），可見元朝統治者是十分重視農業發展的。盡管在元朝統治初期，其目的主要是為了滿足軍需，但在客觀上也起到了恢複農業生產的作用。忽必烈在1270年就設立了司農司，專掌農桑水利；派遣勸農官，察舉農事，並以此來考核地方官的政績，所以中央政府和地方官都有編纂農書的積極性。
1273年，為了推廣農業生產技術，司農司博求古今農書，在刪繁擇要的基礎上編成《農桑輯要》一書，並刊刻頒行天下。《農桑輯要》總結了13世紀末期以前我國北方地區農業生產的經驗和技術，反映了我國作物栽培的進展情況，其中有關木棉的輸入、栽培以及棉花的加工技術等內容，尤其值得注意，是研究古代農書的寶貴文獻。同時，這部書也是我國古代第一部由政府編行的指導農業生產的農業全書。元代曾將此書多次翻印，到1332年，一次就印了10000部。
1314年，畏兀兒農學家魯明善又撰寫了《農桑衣食撮要》，彌補了《農桑輯要》對於歲月雜事的敘述比較簡略的不足。農學家王禎的《農書》則是我國曆史上第一部在全國規模上對整個農業作係統研究的農學巨著。《農書》分三大部分：第一部分“農桑通訣”，總論農業曆史、農耕的各個環節和農業的各部門；第二部分，分別敘述各種農作物的培養方法；第三部分是這本書最富創造性的部分，王禎在文字敘述的基礎上共收錄了各種農具和農業機械圖306幅，分12門和數十項，圖文並茂，介紹了各項農器的構造、淵源、演變和用法。
因為元朝是一個世界性的龐大帝國，因此，元代的醫學有著中西方文化交流的特點。傳統中醫學說進一步發展，並吸收了阿拉伯醫學的精華。