在元代這個多民族的帝國裏，元朝政府對宗教信仰采取了寬容政策。
無論信仰什麽宗教，隻要不影響蒙古人的統治及尊嚴，就不會受到太多的限製。
蒙古統治者最先接受的是佛教中的禪宗思想。1214年，蒙古軍攻克金人寧遠城時，隻有13歲的禪僧海雲見到了成吉思汗。1219年，成吉思汗傳詔，命海雲和他的老師中觀一起管理漢地僧人，並免去了僧人的差役。
1242年，海雲又北上覲見了忽必烈，並在講解佛法的同時，將劉秉中介紹給了他。蒙哥汗時期，吐蕃佛教（即喇嘛教）亦開始進入蒙古宮廷。後來，由於受到帝師八思巴的影響，在元朝佛教各派中，吐蕃佛教在朝廷的地位最高，而就全國而言，最為流行的則是禪宗。同時，從佛教派生的白雲宗，即“白蓮教”，在南方也擁有了越來越多的徒眾，到元末竟成了農民起義軍最初的主要力量。
道教在元代也比較盛行。元朝時期，在北方活動的道教，主要是太一、大道、全真三派及渾元教。在這些教派中以全真對蒙古統治者的影響最深。
全真教由道士王重陽創建，教義主旨在於宣揚儒、釋、道三家合一，兼而修之，故號全真。因在金末元初，全真派掌教丘處機西行覲見成吉思汗的關係，全真教在蒙古帝國時期前期的三四十年內，成為北方道教的主要勢力，形成了一門獨尊的勢頭。後來在蒙哥在位時期，佛教與道教為誰是正宗的問題發生爭論，全真教在兩次佛道辯論中都失敗，結果使道教的地位降至佛教之下，也改變了全真教在北方道教諸派中一門獨尊的局麵。但貫穿元朝始終，南方主要是太一、大道這些自宋以來就進行傳播的宗教，而北方道教依舊是全真為尊。
伊斯蘭教早在唐代就已經傳入我國。元代一般稱伊斯蘭教徒為回回人，“回回”一名是“回紇”的諧音。元朝境內的回回人主要來源於蒙古西征時從中亞、波斯和大食俘掠來的人口或當時投降依附蒙古的官員將領，當然也有相當部分的商人。回回構成了色目人中的絕大部分，政治上很受蒙古統治者信任，不少人在中央衙門或地方官府擔任要職，如元朝的著名能臣賽典赤就是回回人。