元朝人最初也是想要把東南亞熱帶雨林地區納入到他們的統治版圖之內的，但元朝人對東南亞地區的擴張遇到了困難。
1257年，忽必烈征服雲南各部後，蒙將兀良合台便遣使至安南“諭降”，使者被安南國扣留。1258年初，兀良合台率軍侵入安南，這一次蒙古人取得了勝利，達到了預想的戰略目的。兀良合台占領了安南京城升龍（今河內），9天後撤回。忽必烈即位後，封安南國主為“安南國王”，允其三年一貢，並派駐達魯花赤。1267年和1277年，忽必烈兩次遣使安南，以國君親朝、質子、上戶籍、出軍役、納賦稅、置達魯花赤六事責成。
但由於忽必烈不斷地對外擴張，繁重的賦稅與軍役激起了安南人的反抗。1284年，忽必烈遣軍借道安南侵略占城，並要求安南提供軍餉，被安南拒絕，於是元軍對安南再次用兵。結果因不適應當地氣候環境，死傷眾多，狼狽敗回。1287年，忽必烈再發大軍征討安南，依舊陷入安南的遊擊戰和雨季的泥沼中，又以失敗告終。無論是從軍事實力，還是從物質資源上看，安南都不具備與元朝抗衡的能力。安南能在兩次戰爭中取得勝利，主要是因為東南亞的氣候與地理條件對元人不利，以及元軍將領在戰爭中指揮失當。安南王陳日炬很清楚地認識到了這些，所以不想再起戰端。他第二次擊敗元軍後，立即派使者前往元朝，歸還了所有俘虜，並進貢金人代替自己贖罪。可忽必烈不甘心失敗，打算在1293年再次出兵安南。1294年忽必烈逝世，成宗鐵穆耳即位後采取“守成”政策，停止了征討安南，戰爭才算告一段落。
占城國在安南的南邊，1280年占城國國主就派遣使者到元廷稱臣納貢。1281年，忽必烈封占城國國主為“占城國王”，同時在占城設占城行省，作為對外擴張的據點。而在1283年底，忽必烈以占城扣留元朝出使海外的使者、“既降複叛”為理由，派兵對占城進行討伐。但由於安南拒絕借道，1284年征占城的元軍奉命北攻安南，討伐占城的戰役就此結束。元成宗後，安南王遣使與元朝通好，占城也多次進貢，所以，東南亞局勢基本穩定。