順帝即位7年後，於1340年，追查其父明宗被文宗謀害的事，將文宗廟主撤出了太廟，安置文宗後於東安州，將文宗子（即先前的太子）流放到了高麗，到這個時候，“帝位之爭”才算告一段落。在同一年，順帝在脫脫的幫助下擊敗了權臣伯顏，將統治權力真正掌握到了手中。而在這一時期，元朝積弊已深，順帝要想力挽狂瀾，每一步都要小心，都不能出錯。
從1344年順帝親政，至1349年間重新起用脫脫，這時期順帝麵對連年的天災和愈演愈烈的社會動亂采取了一係列的措施，但是成效並不明顯，問題反而越來越多。1344年5月，黃河暴漲，先是白茅堤潰決，6個月後，金堤又被衝垮。黃河中下遊，即今天的河南省東北部，安徽、江蘇兩省的北部，山東省南部和河北的部分地區，都被洪水淹沒，成為萬裏澤國。黃河泛濫不僅嚴重妨礙了漕運，更威脅到了鹽場的安全，直接扣住了元朝的財政命脈，使本來就處於緊張狀態下的元政府財政更加入不敷出。而水災過後，就是嚴重的饑荒與瘟疫，這對元政府來說更是雪上加霜。不過20多歲的元順帝必須積極主動地解決一切問題。於是，他在1349年7月，召回了稱病在家的脫脫，重新任命他為右丞相。
脫脫的這次改革並不能說是成功的。為了緩解元朝政府的財政問題，他在1350年底，印行了沒有準備金的“至正交鈔”，鑄造新銅錢進行流通。因為沒有準備金，新的貨幣如同廢紙一樣。形成了以濫發新鈔搜刮民間至元寶鈔的態勢，造成了更大的經濟危機。導致老百姓避虛就實，先是舍鈔用錢，最後連錢都不用，回到了以物易物的原始狀態。給百姓帶來更多苦難的是脫脫對黃河的治理。1351年5月，脫脫動用民工15萬，監工軍隊2萬，開始了他龐大的修河工程。脫脫將黃河水由哈隻口引入黃河故道，再東引到徐州，入淮河後流進大海。盡襄陽炮（模型）管脫脫治理住了洪水，但卻在這次治理黃河的過程中引發了比洪水更可怕的、大規模的農民起義。造成起義的原因很多：首先，民眾是被強征為河工的，而不是出於自願。而工程中元朝政府發放的工資貨幣——“至正交鈔”更是毫無用處的廢紙，即使這樣還多被監工貪汙克扣。其次，在修河道的過程中，眾多民工因饑餓和繁重的體力勞動致死，民怨沸騰。在這關鍵時刻，他們的怨恨與憤怒被白蓮教利用、點燃，最終成為一場無法遏製的大起義。