忽必烈奠定了元朝這個前所未有的多民族王朝的製度框架，但也為後代遺留下了諸多問題。
例如汗位的繼承問題、多民族和諧相處的統治問題、貨幣製度與稅收製度的完善等。而在忽必烈以後，從成宗到順帝繼位這39年裏，汗位的轉移往往伴隨著陰謀、弑奪，甚至發展為大規模的內戰。元朝政局動**，帝位更迭9次，在位時間最長者11年，最短不過53天，使得元朝中後期缺乏一位真正的守成之君來解決忽必烈遺留的眾多問題，將元朝引入長治久安的道路。
忽必烈逝後的39年裏，蒙古的製度與中原儒學思想不斷發生衝突。蒙古人將天下視為成吉思汗子孫的共同財產，新帝即位常常都要花費巨額的錢財賞賜宗親貴族，造成了元朝財政的重大負擔。武宗海山即位後，就因大肆賞賜宗親貴族，出現了賞賜“未及一半”而兩都（大都與上都）府庫盡空的局麵。這就導致了政府大量印鈔，彌補虧空的事情。亂發紙幣的結果就是使財政係統紊亂，成為元朝後期農民起義的一個原因。在這種情況下，伯顏執政加深了民族分化政策的力度，更使得蒙古、色目人與漢族人民之間始終存在的巨大鴻溝愈加明顯。元朝的最高統治階層，與他們所依賴的統治基礎經常發生衝突。在中原地區，占優勢的儒家思想與回族以及遊牧文化間的衝突，形成了貫穿元末始終的矛盾。
順帝13歲即位，在20歲前，他受權臣的控製，不能親政。20多歲時，順帝在脫脫的幫助下鏟除了權臣伯顏。掌握朝政的最初9年，他勵精圖治，應該還算是一個不錯的君主。而後期，順帝卻生活腐化墮落，在天災人禍不斷、九州大亂的情況下不理朝政，隻知**樂，最終加速了元朝的滅亡，成為一個不折不扣的昏君。元朝宮廷也終於沒能擺脫忽必烈以後內亂不斷的局麵。