忽必烈改“元”之後，就對吐蕃地區加強了中央的管轄。在元朝，對吐蕃地區的管理采取了設立宣政院、宗王分鎮與帝師的統領、完善地方機構和設立驛站、統計戶籍等措施。由於吐蕃地區封建製的確立與藏教的形成相輔而行，在經濟上也出現了二者同步發展的局麵，因此，元朝在吐蕃地區的管理也多采用政教合一的方式。其中，最重要的一點就是用具有政教合一身份的帝師對吐蕃地區進行管理。
帝師其實是元代皇帝授予藏教僧人的最高神職。元代的第一位帝師是八思巴，可以說在中央與吐蕃的關係中，八思巴起到了重要作用。
八思巴生於1235年，是藏教薩迦派高僧薩班的弟子，同時也是他的侄子。“八思巴”在藏語中的意思是“聖童”，是藏民給他的美稱，因為八思巴7歲時就能熟讀佛經，知道經文的大意了。1247年，薩班到涼州與闊端談議吐蕃歸附蒙古的事項，年僅8歲的八思巴也一同隨行。薩班走後，八思巴作為人質留在了涼州。這樣，他童年的大多數時間是在蒙古人的宮廷中度過的，所以八思巴受蒙古文化的影響很大。薩班去世後，15歲的八思巴作為薩班的繼承人，到六盤山拜見了忽必烈。忽必烈一見到他就非常喜愛，把他留在了身邊。
八思巴19歲的一天，他給忽必烈講授《喜金剛·大灌頂》時說：“藏教是從天竺傳來的。佛法的宗旨是要救度一切眾生，引導眾生到達涅槃的境界，過極樂世界的生活。要達到這個境界必須嚴格遵守三藏經典中所闡述的戒律而修行。假如一個人違背了三藏中的戒律，他將轉生在阿鼻地獄中受苦……”可見八思巴是位虔誠的藏教高僧。
1260年，忽必烈搶在阿裏不哥前宣布繼承汗位，出於政治上的考慮，他封八思巴為“帝師”，賜玉印。1264年，忽必烈設立了專門管理全國佛教事務和西藏地方軍政事務的機構——總製院，也就是宣政院的前身，命剛剛29歲的八思巴掌管。到後來，由帝師管理宣政院也就成為一種慣例。