南宋恭帝及太後宗室的出降，標誌著存在了320多年的宋朝基本結束了，但南宋的遺孤遺臣依然在南方對元人進行著頑強的抵抗。
當時淮東、真州、揚州、泰州仍然被南宋的遺臣李庭芝、薑才、苗再成等人堅守。從臨安逃出的張世傑、陳宜中、陸秀夫、文天祥等人則很快在福州擁立益王趙昰為帝。就在這個時候，伯顏回到了蒙古，因為元朝內部又出現了叛亂，蒙哥之子昔裏吉起兵。元朝人把主要的注意力北移，給了南宋的遺老遺少們一定的喘息時間。
在這段時間裏，真正做到有效抵抗的隻有李庭芝與薑才協守的揚州。
留在南方的元將阿術對揚州屢攻不下，正好臨安已經投降，伯顏將太皇太後謝氏諭降李庭芝的手詔送到阿術軍前。阿術立即命人在城下宣詔，李庭芝聽完宣讀後說道：“我隻知奉詔守城，沒聽到有詔諭命令我歸降。”
阿術沒辦法，隻好繼續攻城，依舊不克。後來李庭芝聽說南宋皇室被虜北上，痛哭流涕，盡散家財勞軍，令薑才率兵4萬截擊瓜洲，想要奪回兩宮。薑才率軍出戰，與元軍血戰6個多小時，元兵為防有失，劫持南宋皇室後撤。薑才緊追不放，邊追邊打，到浦子市，遇到前來支援的元軍。阿術親自督戰，前後夾擊薑才，薑才自知兵少久戰難以取勝，隻好撤退。阿術愛惜薑才勇猛，令人招降。薑才慨然回答：“我寧可死，怎麽可能作降將呢？”同時，守衛真州的南宋遺臣苗再成也出兵奪駕，但都沒有成功。
這次戰役結束後，阿術又多次以太後謝氏的名義諭降李庭芝。李庭芝不答，命士兵發弩射死諭使。阿術於是遣兵守高郵、寶應，斷絕揚州糧道，跟著又用諭旨招降李庭芝，李庭芝再次殺死諭使。這時淮安、盱眙、泗州均因糧盡出降，隻有李庭芝力戰不屈，糧盡就將鎧甲上的牛皮煮了吃。揚州城內出現了兵民易子相食的悲慘景象，李庭芝仍守城不降。恰在這一時刻，張世傑、陳宜中、陸秀夫等人在福州擁立益王趙昰稱帝，召李庭芝為右相。李庭芝接詔，令製置副使朱煥守揚州，與薑才率兵7000趕往泰州。沒想到李庭芝剛出城，朱煥就獻城出降了。李庭芝馬上受到了元軍的追擊，隻好逃入泰州，泰州裨將孫貴、胡惟孝也偷偷打開泰州北門接應元兵，李庭芝和薑才被俘，先後被殺。