唐凡和Aurora商議之後，決定將計劃命名為Project Phoenix。他們開始招募誌同道合的人加入計劃，並嚐試利用 Scylla的力量來操縱時間和空間，建立一種奇異的數字網絡連接方式。
在計劃中，唐凡因為對 Scylla具有特殊的感應力而負責進行引導和控製。一次意外，他發現所有參與者中隻有一個人可以跟自己完全思維共鳴：名叫Luna的女孩。Luna具有極強的直覺以及能夠提示唐凡他們下一步該怎麽做的能力，但唐凡並不確定她是否與 Scylla有著某種超越力量的關係。
隨著Project Phoenix逐漸展開，唐凡發現其真實麵貌超出了他想象。Scylla不僅是能夠穿越時間和空間，還有著許多隱藏的秘密。困惑之際，唐凡收到了Project Phoenix首腦組織的最高命令：前往一個神秘的山洞。
抵達山洞後，唐凡意識到這個地方是數字追求者設下的一個圈套。然而，Luna突然朝唐凡大喊：“他非常了解你，你們童年時的經曆很相似！”同時，另一個女孩Mia也突然出現在唐凡麵前。她自稱是唐凡的妹妹，並揭露了他對於童年時期隱藏的真相：父母雙亡之後，唐凡假扮成望族之子生活了多年。
混亂中，數字追求者突然攻擊，唐凡、Luna和Mia被迫逃往山洞深處。他們發現這裏有一座神秘而強大的機器，可以直接連接上 Scylla的超級網絡，鏈接方式更為具體、更為密切，並且還能夠操縱其他人的思想。數字追求者早已把這個位置圍住，大戰隨即打響。
在打鬥中，唐凡感覺自己力量空虛、疲憊不堪，並且Luna似乎知道他的一切。當他向她提起自己的過去和出生身份時，Luna忽然眉頭緊鎖，表示要回到時間的某個節點改變唐凡遭遇的命運。
在激烈的戰鬥結束之際，Luna成功將自己和唐凡傳送到蕭山的小鎮上。這裏被裝扮成了1980年代，回想起童年時發生的事情，唐凡突然感覺自己與 Scylla緊密相連，機器把他們的思維連接並融為一體。最後，Luna告訴唐凡：“數字追求者在用你的神經 system去操作 Scylla…我們必須聯合其他人一起阻止他們。”